Die Arbeitsgruppen innerhalb der Struktur der IKSE sind im Organigramm dargestellt.
Vorsitzende der Arbeitsgruppe
Frau Bettine Schütte
 Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt Mecklenburg-Vorpommern
 Schwerin
Die Tätigkeit der Arbeitsgruppe WFD wird durch die Expertengruppen:
unterstützt.
Vorsitzender der Arbeitsgruppe
Herr Frank Nohme
 Behörde für Umwelt, Klima, Energie und Agrarwirtschaft der Freien und Hansestadt Hamburg
Die Tätigkeit der Arbeitsgruppe FP wird durch die Expertengruppe:
unterstützt.
Vorsitzender der Arbeitsgruppe
Herr Jiří Petr
 Povodí Labe, státní podnik (Staatlicher Wasserwirtschaftsbetrieb Elbe)
 Hradec Králové