Struktura MKOL je znázorněna v organigramu.
Pan Ing. Tomáš Fojtík
Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v. v. i.
Praha
Pan Mgr. Martin Pták
Ministerstvo životního prostředí ČR
Praha
Pan Dr. Michael Siemann
Bundesministerium für Umwelt, Klimaschutz, Naturschutz und nukleare Sicherheit
(Spolkové ministerstvo životního prostředí, ochrany klimatu, ochrany přírody a jaderné bezpečnosti)
Bonn
Pan Dr. rer. nat. Slavomír Vosika
Mezinárodní komise pro ochranu Labe, sekretariát
Magdeburk
Činnost pracovní skupiny WFD podporují skupiny expertů:
Činnost pracovní skupiny FP podporuje skupina expertů: