Struktura MKOL je znázorněna v organigramu.
Pan Ing. Tomáš Fojtík
Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v. v. i.
Praha
Pan Mgr. Lukáš Záruba
Ministerstvo životního prostředí ČR
Praha
Paní Heide Jekel
Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz
(Spolkové ministerstvo životního prostředí, ochrany přírody, jaderné bezpečnosti a ochrany spotřebitele)
Bonn
Pan Dr. rer. nat. Slavomír Vosika
Mezinárodní komise pro ochranu Labe, sekretariát
Magdeburk
Činnost pracovní skupiny WFD podporují skupiny expertů:
Činnost pracovní skupiny FP podporuje skupina expertů: