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Die Elbe und ihre Auen sind für den Naturschutz in Mitteleuropa von außerordentlicher Bedeutung. Im Gegensatz zu anderen europäischen Flüssen ist ein großer Teil des Wasserlaufs und der angrenzenden Gebiete im naturnahen Zustand erhalten geblieben.
Im Jahr 1993 legte die IKSE das Programm „Ökologische Sofortmaßnahmen zum Schutz und zur Verbesserung der Biotopstrukturen der Elbe“ mit kurzfristig durchzuführenden ökologischen Maßnahmen vor. Die „Ökologische Studie zum Schutz und zur Gestaltung der Gewässerstrukturen und der Uferrandregionen der Elbe“ aus dem Jahr 1994 enthielt Vorschläge für mittel- und langfristige Maßnahmen zum Schutz und zur Verbesserung der Bedingungen für die Lebensgemeinschaften im Ökosystem Elbe.
Die Einmaligkeit der Naturlandschaft entlang der Elbe verdeutlicht die IKSE-Publikation „Die Elbe – Erhaltenswertes Kleinod in Europa“ (1995, 2000).
Besonders erfreulich ist die Rückkehr des Lachses in die Nebenflüsse der Elbe. Dazu hat auch die Fertigstellung neuer Fischtreppen beigetragen. Im April 1998 wurde am Wehr Geesthacht, dem einzigen Migrationshindernis im deutschen Abschnitt der Elbe, eine neue Fischaufstiegshilfe in Betrieb genommen. Die Fertigstellung der Fischtreppe an der Staustufe Støekov bei Ústí nad Labem im Frühjahr 2002 verbesserte die Durch- gängigkeit der Elbe weiter. Damit verbesserte sich die Durchgängigkeit der Elbe. Gegenwärtig ist die Elbe für Wanderfische auf einer Länge von 780 km passierbar.
Für eine nachhaltige Auf- und Abwärtswanderung der gewässertypischen Arten ist es notwendig, die lineare Durchgängigkeit wiederherzustellen und zusammen mit der Schaffung geeigneter Laichhabitate und angemessener Lebensräume die erforderliche Eigendynamik der Wasserkörper zu sichern.
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