Am 22. Dezember 2000 trat die „Richtlinie 2000/60/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 23. Oktober 2000 zur Schaffung eines Ordnungsrahmens für Maßnahmen der Gemeinschaft im Bereich der Wasserpolitik“ (Wasserrahmenrichtlinie) in Kraft.

Ziel ist es, bis 2015 in allen Mitgliedstaaten der EU den guten Zustand aller Flüsse, Seen, Küstengewässer und des Grundwassers zu erreichen. Dafür müssen bis 2009 für die einzelnen Flussgebietseinheiten Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme erarbeitet werden.

Ein zentraler Ansatz der Wasserrahmenrichtlinie ist das gemeinsame koordinierte Vorgehen der an einer Flussgebietseinheit beteiligten Staaten.

Die vier Staaten in der internationalen Flussgebietseinheit Elbe – Deutschland, Tschechische Republik, Österreich und Polen – haben sich darauf verständigt, die internationale Koordinierung und Zusammenarbeit bei der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie unter dem Dach der IKSE durchzuführen.