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Die Untersuchung der Wasserbeschaffenheit im Einzugsgebiet der Elbe mit international abgestimmten Messprogrammen begann bereits Anfang der 1990er Jahre. Mit der Gründung der IKSE im Jahre 1990 wurde der Grundstein für die komplexe und abgestimmte Betrachtung der Entwicklung der Wasserbeschaffenheit der Elbe und ihrer Nebenflüsse gelegt. Um ein gemeinsames Messprogramm realisieren zu können, wurde ein Wassergütemessnetz der IKSE mit 17 Messstellen (12 in Deutschland und 5 in der Tschechischen Republik) aufgebaut. Neben dem Ausbau bereits bestehender und der Errichtung neuer Messstationen wurden auch die Labore nachgerüstet und das zugehörige Datenverarbeitungssystem entwickelt.
Das erste „Internationale Messprogramm der IKSE“ wurde für das Jahr 1992 mit 63 Parametern aufgestellt. Seitdem wird jedes Jahr im Rahmen der IKSE neu festgelegt, welche Parameter auf internationaler Ebene gemessen werden. In den letzten Jahren werden über 100 ausgewählte physikalisch-chemische, chemische und biologische Parameter untersucht. Die Grundparameter wie Wassertemperatur, pH-Wert, elektrische Leitfähigkeit, gelöster Sauerstoff und Durchfluss werden in den Messstationen kontinuierlich gemessen. Für die anderen Parameter werden die Proben in den Messstationen automatisch entnommen und anschließend in Laboren analysiert. An drei Messstellen – Schmilka/Høensko an der deutsch-tschechischen Grenze, Schnackenburg an der ehemaligen deutsch-deutschen Grenze und Seemannshöft unterhalb von Hamburg – werden auch Bilanzierungen der Jahresfrachten der prioritären Stoffe der IKSE durchgeführt.
Das internationale Messprogramm für 2007 wurde den Anforderungen der Wasserrahmenrichtlinie angepasst und in „Internationales Messprogramm Elbe“ umbenannt. An den ausgewiesenen 19 Messstellen des „Internationalen Messprogramms Elbe“ (12 in Deutschland, 7 in der Tschechischen Republik) werden gleichzeitig auch die Anforderungen an die überblicksweise Überwachung im Einzugsgebiet der Elbe nach Wasserrahmenrichtlinie erfüllt. Im Elbestrom befinden sich 9 Messstellen (5 in Deutschland und 4 in der Tschechischen Republik) und an Zuflüssen 10 Messstellen (7 in Deutschland und 3 in der Tschechischen Republik). Die Messstellen an den Zuflüssen befinden sich in den Mündungsabschnitten aller Elbenebenflüsse mit einem Einzugsgebiet von mehr als 5 000 km2 (bis 2006 waren es nur Messstellen an den Nebenflüssen Moldau, Saale und Mulde).
Die wichtigste Voraussetzung für die gemeinsame Interpretation der gemessenen Werte ist ihre Vergleichbarkeit. Dafür sorgten und sorgen die Maßnahmen zur Qualitätssicherung auf internationaler Ebene im Rahmen der IKSE wie Auswahl und Anwendung identischer oder vergleichbarer Messmethoden, Durchführung von Kontroll- und Vergleichsmessungen, an denen die Labore teilnehmen, sowie gemeinsame Auswertung der Messergebnisse. Die gemeinsame Interpretation der Ergebnisse des internationalen Messprogramms erfolgt in Form von Gewässergüteberichten Elbe.
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