Dne 8. října 1990 byla v Magdeburku podepsána Dohoda o Mezinárodní komisi pro ochranu Labe.
Protokol k Dohodě o MKOL, na základě kterého získala MKOL právní subjektivitu, byl podepsán 9. prosince 1991 v Magdeburku a nabyl účinnosti 13. srpna 1993.
MKOL se řídí pravidly, která jsou sepsána v Jednacím řádu MKOL.