Am 8. Oktober 1990 wurde in Magdeburg die Vereinbarung über die Internationale Kommission zum Schutz der Elbe unterzeichnet.
Das Protokoll zur Vereinbarung über die IKSE, auf dessen Grundlage die IKSE Rechts- und Geschäftsfähigkeit erlangte, wurde am 9. Dezember 1991 in Magdeburg unterzeichnet und trat am 13. August 1993 in Kraft.
Die IKSE richtet sich nach den in der Geschäftsordnung der IKSE enthaltenen Regeln.